该工程的主要目标包括，基本认清京津冀、珠三角和长三角等重点区域大气复合污染基础科学问题与控制机理，未来5-10年减排约束性及对人体影响重大的污染物控制技术研发得到实质性突破。

科技部、环保部25日联合公布的《蓝天科技工程“十二五”专项规划》提出，要多渠道、多层次筹集社会资金，增加投入实施蓝天科技工程重点专项，积极利用金融及资本市场，将科技风险投资引入节能环保领域;开展专业化企业贷款风险补偿、技术研发后补助、高技术企业股权质押贷款等试点工作。

该工程的主要目标包括，基本认清京津冀、珠三角和长三角等重点区域大气复合污染基础科学问题与控制机理，未来5-10年减排约束性及对人体影响重大的污染物控制技术研发得到实质性突破;主要污染物控制技术产业化创新明显加强，带动环保技术市场合同交易总额新增1000亿元，科技进步对约束性污染物减排贡献率提高10%;区域大气污染防治技术集成创新能力显著增强，先进适用技术转化应用取得重大进展，为10个左右重点区域和大中型城市大气污染防治提供技术方案与示范实践;面向国家蓝天科技资源共享与服务体系建设，建立50个蓝天科技创新基地与人才培养基地，构建完善的国家级蓝天科技创新技术服务平台。